Regizorul Bryan Singer a intentionat sa faca din X-Men 2 mai mult decat o continuare in stil traditional a primului X-Men." X-Men 2 reprezinta o evolutie fata de primul film, in care am introdus o noua generatie X-Men si noi personaje negative." explica el. De asemenea, o tema noua in X-Men 2 este faptul ca mutantii sunt nevoiti sa se alieze cu umanitatea pentru a tine piept unui atacator necunoscut si extrem de puternic, William Stryker, un fost comandant militar si om de stiinta, banuit de a fi facut experimente pe mutanti. Stryker isi incepe lupta impotriva mutantilor atacand sediul scolii si resedinta profesorului Xavier. Magneto, proaspat evadat din inchisoare, le propune mutantilor sa se alieze si sa lupte impreuna impotriva lui Stryker.Un alt personaj nou introdus in X-Men 2 este Yuriko Oyama, supranumita "Deathstrike", mana dreapta a lui Stryker. In mod ironic, Yuriko nu este suta la suta umana ci, la fel ca Wolverine, are puteri vindecatoare si gheare metalice retractabile.